เรื่อง ราวของ THE LOST TOWER เริ่มต้นขึ้นเมื่อ นารูโตะที่ได้รับมอบหมายภารกิจจากสึนาเดะร่วมทีมกับซากุระและยามาโตะออกตาม ล่านินจาถอนตัวที่ชื่อ “มุคาเดะ” นิจจาที่ละทิ้งหน้าที่กลับมา ทีมของนารูโตะตามไปจนถึง “โรรัน” เมืองร้างที่สึนะงาคุเระเป้าหมายของมุคาเดะก็คือ “ชีพมังกร”ที่หลับไหลอยู่เบื้องลึกลงไปใต้ซากเมืองร้างแห่งนี้ นารูโตะตามามุคาเดะเข้าไปถึงภายในเมืองร้างติดๆ แต่แล้วเขาก็ถูกพลังงานจากชีพมังกรที่มุคาเดะปลดล่อยออกมาดูดเข้าไปในวัง วประหลาด